Si les animaux domestiqués (principalement le boeuf, le porc, le mouton et la chèvre) sont la principale source de viande pour la population néolithique, la chasse d’animaux sauvages représente une part importante de l’économie néolithique, en particulier les années où les récoltes de céréales sont mauvaises. On retrouve principalement des ossements de cerf, d’aurochs, de chevreuil et de sanglier. Le cerf est le plus fréquent, ce qui s’explique par un environnement naturel favorable ainsi que par l’utilisation de ses bois et de son squelette pour la fabrication de multiples artefacts. Certains petits animaux, vont également être chassés pour leur fourrure (écureuils, fouines, renards, chats sauvages, etc.). Durant le Néolithique, l'arc demeure l'arme de prédilection. L'utilisation de pièges a du exister, mais elle n'a pas laissé de traces.

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Parmi les restes de poissons retrouvés dans les sites lacustres, on trouve le brochet, la truite, la perche, la féra, la lotte et le sandre. Des restes de filets, poids de filets, hameçons, flotteurs, nasses, etc. sont très fré-quents dans les sites lacustres et témoignent de l’importance de la pêche à cette époque et de la variété des techniques utilisées.

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La présence de restes de plantes sauvages prouve que la cueillette demeurait une activité essentielle durant le Néolithique, et l’on estime qu’elle couvrait entre 20 et 50% des besoins nutritifs. Les noisettes, pommes sauvages et baies sont les restes de cueil-lette les plus fréquemment retrouvés dans les villages lacustres, auquels il faut encore rajouter le chénopode blanc, le chou sauvage et le coqueret alkékenge parmi d’autres (herbes aromatiques, racines, orties, champignons etc.). Les plantes sauvages servaient également à nourrir le bétail, comme le prouve l’a-nalyse des fumiers de caprinés du site néolithique d’Egolzwil dans le canton de Lucerne.